本尊叁昧品所说，字印形之本尊各立二种。字之二种者：一观字义，阿字是菩提心，故即向阿字观自性清净之菩提心也。二唱阿之声，唱之如铃鐸等之不绝也，又以此声调出入之息也。印形之二种者：一有形，形是青黄赤白等色，方圆叁角等形，屈伸坐立及所住处之类也。印谓所执之印，即刀轮羂索金刚杵之类也，初心者先於心外观画尊等，故名有形。二无形，后渐淳熟，又以加持力故，自然而现，与心相应，以尔时此本尊但现於心，於心外无缘，故名无形。窃谓或初得世叁昧，见其本尊如是形，如是色，如是住处，如是坐立，如是曼荼罗中持如是印等，尚是有相，故名有形。后转真言，宛然直见，如镜像等不思而见，故名无形。本尊形之二种者，一非清净，彼行者初因有相而引入无相，先观圆明之佛菩萨印身，其初不见，故画像等而观之，渐则法力所加，渐得明了，而尚有所障，闭目则见之，开目则不见之，又渐次而开目闭目，皆得明见，渐渐不加作意而亦见之，乃至触於身亦无有妨，犹如日对世人等然，依此有相渐引人於清净处。以有相之故，名為非净。此由叁摩呬多(定之别名)等所引。故住於清净处，寂然无相，名為清净。净是果，非净是因，非净谓形色印相之类也，依此非净而引生净，由无常之因而至於常果也。见大日经疏二十。

秘藏记本曰：

我本来自性清净心，於世间出世间最胜最尊，故曰本尊。又已成佛本来自性清净理，於世间出世间最胜尊，故曰本尊。