宗名取於福清之黄檗山。唐贞元五年,正干禪师传六祖之法,开创此山,断际禪师住此,大振法道,名遂着。希运寂后,临济义玄之门裔,大為繁兴,尔后黄檗之道场,与临济之宗风,一其盛衰,隆於宋,废於元,至明代復兴。崇禎九年,隐元住此山,尤能中兴黄檗之古道,清顺治十一年,应日本之请,让席於门人慧门性沛而东渡,遂為日本黄檗宗之祖。