现图曼陀罗与经疏所说异。依现图则上下四重，左右叁重，故约於前后而云四重。除中院外，徧智院、金刚手院、观音院、持明院之四院為第一重，次释迦，虚空藏之二院為第二重，次文殊，除盖障，地藏，苏悉地之四院為第叁重，此外金刚部眾围绕四周為第四重。总之左右叁重，上下四重也。因此称為四重圆坛。然据经疏有叁重四重之两说。叁重之说依疏六则如左图。此亦除中胎，以徧智、金刚手、观音、持明之四院為第一重，又云第一院，是為叁德秘藏之内眷属。又云如来法身之智德。次以文殊，除盖障、地藏、虚空藏之四院為第二重，又云第二院。是為如来之大眷属，如来悲智之二德也。次于释迦院中摄一切之二乘八部而為第叁重，又云第叁院。是為一切眾生喜见随类之应身等流身，又云如来外用悲德。是即叁重圆坛也。

大日经疏五曰：

从大日如来脐已下光明，是此第叁重位。自脐已上至咽所出光明，為第二重位，自咽已上乃至於顶相之光，為第一重位。其中胎藏即是毘庐遮那自心八叶华也。

又曰：

此莲华臺是实相自然智慧，莲华叶是大悲方便也。正以此藏為大悲胎藏漫荼罗之体，其餘叁重是从此自证功德流出诸善知识入法界门耳。

同六曰：

叁重漫荼罗所示种种类形，皆是如来一种法门身，是故悉名為佛。

同七曰：

更作深秘密释者，如叁重漫荼罗中五位叁昧皆是毘庐遮那秘密加持，其与相应者皆可一生成佛，何有浅深之殊？

已上，叁重之明文也。然疏一云：

画作诸佛菩萨乃至二乘八部等四重法界圆坛。

同十五云：

如前所说，以身四分作四重曼荼罗。

其相违如何？叁重者，中院是法界自性之体，故除之，就其流出上而立四重，又四重者，於叁重加中院能所合论故也。而中院為第一重者，疏七云：

谓中胎藏毘卢遮那，第二院观音金刚手云云。

是既以观音金刚手(叁重中之第一重)為第二院，则以中胎八叶為第一重可知也。又同二十云：

此八叶即是大悲藏第一重也。