佛眼有叁种：一金刚萨埵所变之佛眼尊，瑜祇经说之。

瑜祇经金刚吉祥大成就品曰：

时金刚萨埵对一切如来前，忽然现作一切佛母身，住大白莲，身作白月暉，两目微笑，二手住脐，如入奢摩他，从一切支分出生十凝誐沙俱胝佛，一一佛皆作礼敬本出生，於剎那间，一时化作一字顶轮王，皆执轮印，顶放光明，倨傲目视，现大神通，还来礼敬本所出生一切佛母。

二大日所变之佛眼尊，安置胎藏界徧智院者是也。大日经曰：

次於其北维，导师诸佛母，晃曜真金色，縞素以為衣，徧照如日光，正受住叁昧。

大日经疏五曰：

次於大勤勇北，至北维置虚空眼，即毘卢遮那佛母也。

叁释迦所变之佛眼尊，胎藏界释迦院所图之能寂母是也。大日经疏五曰：

次於世尊北边，安置佛眼，亦是释迦牟尼佛母，此方译為能寂母也。

此中常為佛眼法而修之者，依瑜祇经所说金刚萨埵变身之佛眼尊也。